2. La recherche de la Matrice

Après avoir découvert les origines des Headmasters et de la planète Master, les Autobots se précipitent pour récupérer la Matrix disparue.

3. Le retour de Rodimus Primus

Avec la Matrix retrouvée, la course est lancée pour retourner sur Cybertron et assurer le contrôle des Autobots sur la planète.

4. Opération cassettes

Lorsque Soundwave est ressuscité sous la forme de Soundblaster et que Cybertron est attaquée par la Madmachine, les Autobots réagissent en recréant Blaster sous la forme de Twincast.

5. Rébellion sur Animatros

Les Autobots se dirigent vers la planète Beast afin d’aider les Beastformers autochtones à repousser une invasion des Decepticons.

6. L'astéroide maléfique

Galvatron envoie un météore capable de déformer la gravité sur une trajectoire de collision avec Cybertron, et seul Daniel peut sauver la situation.

7. Les ombres du passé

Scorponok attire les Headmasters Autobots dans un piège sur la planète Praum, où ils doivent faire appel à tout leur entraînement pour survivre.

8. Terreur des six ombres

Les Trainbots occupent le devant de la scène lorsque six silhouettes mystérieuses attaquent des pays aux quatre coins du monde.

9. Apocalypse (1)

Lorsque Vector Sigma développe un nouvel alliage puissant, les Decepticons lancent une offensive totale contre Cybertron afin de se l’approprier.

10. Apocalypse (2)

La fin approche pour Cybertron alors que le plan de Scorponok visant à s’emparer du pouvoir touche à sa réalisation…

11. Le maître des ombres

Scorponok prend le commandement des Decepticons, et les Headmasters Autobots doivent contrecarrer son plan visant à prendre le contrôle d’un satellite terrestre capable de capter l’énergie du soleil.

12. Énergie plasmique

Les Autobots se précipitent pour sauver un village péruvien lorsque les Decepticons provoquent l’éruption d’un volcan à proximité.

13. Forteresse Maximus

Fortress doit révéler sa transformation ultime lorsque les Decepticons attaquent San Francisco avec une plante carnivore.

14. Le venin du scorpion (1)

Les Autobots tentent d’empêcher un complot des Decepticons visant à détruire toute la planète Mars.

15. Le venin du scorpion (2)

Privé de puissance et alors que la destruction de Mars se rapproche de plus en plus, Fortress Maximus, Scorponok révèle enfin son véritable visage.

16. Épisode 16

17. Épisode 17

18. Épisode 18

19. Épisode 19

20. Épisode 20

21. Épisode 21

22. Épisode 22

23. Épisode 23

24. Épisode 24

25. Épisode 25

26. Épisode 26

27. Épisode 27

28. Épisode 28

29. Épisode 29

30. Épisode 30

31. Épisode 31

32. Épisode 32

33. Épisode 33

34. Épisode 34

35. Épisode 35